검찰총장과는 협조적 관계를 목표로 하고 인사 때 객관성을 유지하겠다는 답변도 내놓았다. 그는 "공정하고 투명한 검찰 인사를 통한 국민 신뢰 회복을 위해, 법률상 규정된 검찰총장의 의견 청취 절차를 내실있게 진행하는 것이 바람직하다"고 강조했다.
추 장관의 윤 총장에 대한 수사지휘권 발동 관련해선 "검찰 사무의 지휘·감독권자인 법무부 장관이 개별 사건 수사의 독립성과 공정성을 확보하기 위해 검찰청법 제8조에 따라 수사지휘권을 행사할 수 있다"고 했다.
추 장관이 검찰총장을 '부하'라고 칭한 지적에 대해선 "법무부 장관은 검찰사무의 최고 감독자"라면서 "다만 법무부와 검찰이 안정적 협조 관계 속에 견제와 균형의 원리에 따라 국민에 대한 각자의 역할을 충실히 수행하는 게 중요하다"고 했다.
월성 원전 1호기 감사원 결과와 관련 박 후보자는 "수사의 단서가 있다면 실체적 진실을 규명함이 원칙"이라며 "일각에선 이 사건과 관련해 검찰이 정치적 목적으로 과잉수사를 한다는 비판도 있는 만큼, 장관으로 임명되면 법과 원칙에 따라 수사가 이뤄지도록 적절히 지휘·감독하겠다"고 답했다.
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