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멜라토닌은 때에 따라 우울증이나 불면증의 원인이 될 수도 있기 때문에 자신에게 맞는 복용법을 찾는 것이 좋다. 포유동물에서 멜라토닌은 일상적인 생활 리듬과 생체 리듬을 조절해 우리 몸이 밤에 잠들게 도와주는 중요한 기능을 담당한다. 멜라토닌은 긴 비행시간으로 인한 시차적응에 도움이 될 뿐만 아니라 세포손상을 보호하는데도 효과적인 것으로 알려졌다.
하지만 멜라토닌이 오랜 기간 생체 내에 작용하면 우울증이 발생하고, 반대로 합성량이 적으면 불면증을 유발하는 것으로 알려졌다. 특히 멜라토닌은 겨울의 긴 밤에 더 많은 양이 생산되어 겨울철 우울증인 계절정서장애(SAD: seasonal affective disorder)를 일으키기도 한다.
따라서 멜라토닌으로 인한 부작용이 개인마다 차이가 있을 수 있으므로 필요한 경우 자신에게 맞는 용량을 찾는 것이 중요하다. 멜라토닌은 주로 취침 30분전에서 2시간 사이에 복용하는 것이 효과적이며, 입에서 녹여먹거나 씹어 먹을 때는 20~60분 전에 복용해야 한다.
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