용산역 철도정비창 부지. /사진=뉴시스 DB
한국철도공사(코레일)가 법인세 산정을 다시 해 달라며 세무당국을 상대로 제기한 소송에서 이겨 9000억원대 상당의 법인세를 돌려받을 전망이다.

3일 대법원 3부(주심 이동원 대법관)에 따르면 코레일이 법인세 경정을 거부한 처분을 취소해 달라며 대전세무서를 상대로 낸 소송 상고심에서 원고 승소 판결한 원심을 최근 확정했다.


앞서 코레일은 2007년 12월 서울 용산구에서 ‘용산역세권 국제업무지구 개발 사업’을 추진했다. 이 사업은 사업비만 30조원 규모가 들어가는 단군 이래 최대 규모의 사업으로 불렸다.

코레일은 이 사업을 위해 민간 법인 등으로 구성된 컨소시엄과 협약을 맺고 그해부터 2011년까지 다섯차례에 걸쳐 사업 시행사와 토지 매매 계약을 체결했다. 코레일은 이 과정에서 8800억원 상당의 법인세를 납부했다.


하지만 2013년 4월 사업은 백지화됐고 코레일은 협약을 해지했다. 코레일은 토지 매매 계약이 적법하게 해제됐기 때문에 법인세를 환급해 달라고 세무당국에 경정 청구를 냈지만 세무당국은 이를 받아들이지 않았다. 이에 코레일은 조세심판원을 거쳐 법인세 반환 소송을 냈다.

1심은 사업 시행사의 채무 불이행 등을 이유로 협약이 해제된 것은 적법·유효하다고 봤다. 또 법에 따라 납세 의무가 성립돼도 소득이 실현되지 않는 게 확정된다면 법인세를 부과할 수 없다고 판단해 코레일의 손을 들어줬다.


2심도 “코레일의 납세 의무는 그 전제를 상실해 원칙적으로 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다고 봐야 한다”며 1심 판결을 유지했다.

이어 대법원에서는 “원심은 필요한 심리를 다하지 않거나 법리를 오해하는 등의 잘못이 없다”고 판시했다.


대법원의 판결로 코레일은 약 7060억원대 법인세 경정 금액 및 환급가산금 등을 돌려받을 전망이다.

다만 법조계에서는 납부 시기 및 이율 등의 변화를 고려할때 코레일이 9000억원대의 이르는 금액의 법인세를 환급받을 것으로 예측한다.