세액감면은 당해연도 이익이 없어 혜택을 못받더라도 다음 연도로 이월하는 제도가 원칙적으로 없다. 반면 세액공제는 당해연도에 공제받지 못하더라도 통상 5년간 이월이 가능하다. 그러므로 이익이 발생하지 않더라도 세액공제를 통해 향후 이익 발생 시를 대비할 수 있다. 또 당해연도의 연구시설 등의 투자 세액공제와 세액감면은 중복적용이 불가능하지만 이월된 세액공제는 당해연도의 세액 감면과 함께 받을 수 있다는 점을 기억해야 한다.
그러나 과다한 세액공제 신청은 세무상 리스크로 이어진다. 초기 스타트업의 발생비용은 대부분 연구개발과 관련된 것으로 세법에서는 통상 해당 비용의 25%를 법인세에서 공제한다. 설립 후 5년간 세액공제를 받지 못한 경우 최장 10년까지 이월공제가 되는데 이를 연구인력개발비에 대한 세액공제라 한다.
통상 연구개발비는 인건비가 가장 많은 부분을 차지한다. 주주면서 임원이 직접 연구개발을 하는 대부분의 스타트업은 과도한 세액공제 신청을 주의해야 한다. 세법에서는 법인 지분의 10%를 초과해 보유하는 임원과 그 특수관계인의 인건비를 원칙적으로 세액공제 대상에서 제외해서다. 또 타인에게 연구개발용역을 제공하고 수익을 얻는 스타트업은 해당 연구개발용역을 수행하는 자의 인건비가 세액공제 대상에서 제외된다.
지분투자와 관련된 사항은 전문가의 조언이 필요하다. 특히 외부 투자자로부터 자금을 유치하고 해당 기업의 주식을 투자자에게 발행하는 유상증자를 할 땐 반드시 전문가의 도움을 얻어야 한다. 유상증자 시 1주당 발행가액이 시가보다 높거나 낮으면 주주간 증여 문제가 발생할 수 있다.
이를테면 1주당 가치가 2만원인 기업에서 제3자에게 주식을 직접 배정하되 1주당 5000원으로 유상증자한다면 주식을 배정받은 이가 기존 주주로부터 이익을 증여 받은 것으로 판단해 증여세가 부과될 수 있다. 주주간 증여세는 주식의 발행방식에 따라 주주간 특수관계 여부를 따지는 등 계산방식이 변경되므로 전문가의 조언이 필요하다.
이밖에 스타트업은 이익이 발생하지 않더라도 부가가치세의 신고의무를 제대로 이행하지 않는 경우 가산세를 내야 할 수 있다. 이처럼 스타트업 설립자는 세제혜택을 놓치거나 세무상 불이익을 받지 않으려면 세금 관련 업무를 꼼꼼히 챙겨야 한다.
☞ 본 기사는 <머니S> 제522호(2018년 1월10~16일)에 실린 기사입니다.