문 대표는 신라젠 경영권을 확보하는 과정에서 무자본 페이퍼컴퍼니를 이용해 자금 돌리기 방식으로 350억원 규모의 신주인수권부사채(BW) 1000만주를 인수했다. 이후 신라젠의 회사 자금을 다시 페이퍼컴퍼니를 통해 금융기관에 갚았다. 검찰은 이 과정에서 문 대표가 자기 자본 없이 BW에서 유래한 신주인수권 1000만주를 행사하며 1918억원 상당의 부당이득을 취득했다고 봤다.
자본시장과금융투자업에관한법률위반(사기적 부정거래), 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임), 업무상배임 및 업무상배임미수 등의 혐의다. 문 대표는 특허 대금을 부풀려 신라젠 자금 29억3000만원 상당을 관련사에 과다하게 지급했고 지인 5명에게 스톡옵션을 부풀려 부여, 매각이익 중 38억원가량을 돌려받았다는 혐의도 받는다. 검찰은 이날 문 대표가 활용한 페이퍼컴퍼니의 사주 A씨와 신라젠 창업주 B씨도 공범으로 불구속 기소했다.
2016년12월 주당 1만2850원에 상장한 신라젠 주가는 다음해 11월 주당 13만1000원까지 올랐다. 지난해 8월 항암 신약후보물질 '펙사벡' 임상중단 사실이 알려지면서 주당 8140원까지 폭락했다. 임상중단 공시 전 문 대표의 친인척 이용한 신라젠 전 대표, 곽병학 전 감사 등 경영진은 미공개 정보를 이용해 주식을 매각했다. 경영진이 2019년 8월까지 팔아치운 주식은 약 2515억원가량으로 확인됐다.
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